Soğan toprakta organik maddelerin bulunmasını isteyen; fakat organik gübrelemeye hassas bir bitkidir. Ahır gübresinin yetiştirme sırasında verilmesi, birçok zararlının üremesine ve soğana zarar vermesine neden olur. Bu nedenle, ahır gübresi soğandan önce yetiştirilen bitkiye bol verilmeli ve soğan o bitkiden arta kalan ahır gübresini kullanmalıdır.

Soğan, ticaret gübresinden hoşlanır. Ortalama olarak dekara 8-10 kg azot, 8 10 kg fosfor ve 12-15 kg potasyum verilmesi verim ve kalite açısından yeterlidir; ancak verilecek gübrelerde aşırı azotlu gübre kullanmak başı çabuk büyütür fakat soğanın içi boş kalır, yani koflaşır. Mümkün olduğunca azotlu gübreler 3 defada atılmalıdır.